موزه آستان مقدس حضرت شاهچراغ (ع) همزمان با عید مبعث و به تاریخ 30 آبان 1344 هجری شمسی ، مقارن با 27 رجب 1358 هجری قمری افتتاح گردید.در سالهای نخستین تاسیس موزه روزهای پنج شنبه را به بازدید علاقه مندان اختصاص داده بودند.اولین ساختمان موزه متشکل از فضای کوچکی بود که در مکان فعلی ورودی خواهران به حرم مطهر برپا گردید.در سالهای پس از انقلاب اسلامی و اهتمام بر حفظ و صیانت از آثار ارزشمند تاریخی ، فرهنگی مسئولین وقت را بر آن داشت تا در سال 1363 ه.ش با تبدیل چند اتاق به محوطه سالن مانند در ضلع شمالی صحن شریف برخی از اشیاء موزه به نمایش گذاشته شود.
ابراز ارادت محبین آن حضرت و اهداء آثار به موزه موجب گردید تعداد آثار ارزشمند فزونی یابد و در سال 1372 ه.ش ساختمان کنونی موزه حرم مطهردر ضلع جنوبی احداث و مورد بهره برداری قرار گیرد.پس از گذشت یک دهه و ساماندهی منابع و همچنین مستند نگاری اشیاء ، ساختمان موزه دستخوش تغییر گردید و در بخش اول اجرای طرح توسعه موزه ، با الحاق فضای کتابخانه قدیمی آستان مقدس (که در طبقه فوقانی موزه قرار داشت) به مجموعه موزه فضایی بالغ بر 300 متر مربع به فضای پیشین اضافه گردید و مجموعا فضایی بالغ بر 1000 متر مربع را به خود اختصاص داد.در این سالها طراحی فضای داخلی موزه تغییر یافت و جهت استفاده زائرین و علاقه مندان بازگشایی گردید.
باتوجه به حجم آثار اهدایی و رشد روزافزون بازدید کنندگان و همچنین استقبال علاقه مندان از موزه حرم مطهر حضرت شاهچراغ (ع) طرح فاز دوم توسعه در دستور کار قرار گرفته و مجموعه های اختصاصی جهت نمایش آثار پیش بینی گردیده است.
موزه آستان مقدس حضرت شاهچراغ(ع) با توجه به آثار و منابع موجود در آن که مربوط به ادوار مختلف پیش از تاریخی تا دوران معاصر است، یکی از فاخرترین موزه های جنوب کشور محسوب می گردد . اشیاء موجود در این مجموعه بالغ بر هشت هزار شی و بیش از سه هزار نسخه خطی و سند قدیمی را شامل می شود که پس از طی مراحل تخصصی به صورت گردشی در معرض نمایش قرار می گیرد.
ساختمان موزه که در طول دوران و از زمان تأسیس تاکنون تغییرات متعددی داشته است، اکنون در ضلع جنوبی حرم مطهر در دو طبقه طراحی شده و آمادهی ارائهی خدمت به عموم زائران و بازدیدکنندگان است.