نزدیک به دو سال از استقرار حکومت جعفرخان در شیراز می‌گذشت که او به صید مرادخان و دو برادرش بدبین شد و آنها را به زندان انداخت. همین امر موجب شد پیروان صید مرادخان توطئه‌ای برای نابودی او بپرورانند. این ایام مصادف با اوج نارضایتی مردم تحت سلطه سلسله زند در سراسر ایران بوده است.

در این آشفتگی‌ها آقا محمد خان نیز به دلیل سیاست اشتباهی که در اصفهان داشت و آزادی‌ای که به سربازانش در برخورد با مردم داده بود، با مقاومت مردم این شهر روبه‌رو شده و به مازندران عقب‌نشینی کرد. همین حوادث موجب شد صید مرادخان فرصت را غنیمت شمارد و آن هنگام که لطفعلی خان فرزند ارشد جعفرخان برای سرکوب شورش حاکم لار، شیراز را ترک کرده بود، شبانه فرار کرده و به کمک آشپز دربار که سمی کشنده در غذای شاه ریخته و او را مسموم کرده بود، سر از تن جعفرخان جدا کند و در سال ۱۲۰۳ق. خود بر مسند حکومت تکیه زند.

سنگ قبر موجود در موزه از جنس سنگ مرمر سبز و حکاکی زیبای خط نستعلیق است که در محل ورودی موزه قرار دارد و با توجه به شکستگی ها مرمت جزئی بر روی آن انجام پذیرفته است.

علاوه بر نام و القاب جعفر خان ، شعر زیبایی نیز از فتحعلی خان صبای کاشانی 1203 ه.ق بر وزن کل من علیها فان و یبقی وجه ذوالجلال و الاکرام در متن سنگ دیده می شود که مضمون آن بدین شرح است:

از گردش گردون داد وّز کینِ زمان فریاد

از جور زمین بیداد وز دورِ فلک افغان

بیداد و جفایش دین،آمد به نکویان این

جور و ستمش آیین،باشد به عزیزان آن

خاموش نشینم چند از دهرِ جفا پیوند

کز بادِ اجل افکند سروِ قد جعفرخان

آن خسروِ دریا دل و آن پادشهِ عادل

کز وی شده هر مشکل بر خلقِ جهان آسان

کرد این فلک از کینه از کینه دیرینه

در مجمرِ هر سینه،دل های همه بریان

بس ناله و بس شیون برخواست ز مرد و زن

کش گشت توانا تن در خاک سیه پنهان

آن شاهِ فریدون فر کِش بود به خاکِ در

هم ناصیه سا قیصر هم خاک نشین خاقان

تا گشت ز جان ناکام،نبوّد به جهان جز نام

از مرحمت و انعام،از معدِلت و احسان

در روضه جان زد پر،دارای سکندر شأن

جمشید فریدون فر،دارای سکندر شأن

آن پادشه اعظم،و آن وارث مُلک جم

چون رفت از این عالم در جنّت جاویدان

تاریخ وفاتش را جستند ز هر دانا

ناگاه صبا گفتا:صد حیف ز جعفر خان

تاریخ وفات جعفر خان که مصادف با ۲۵ ربیع‌الثانی ۱۲۰۳ ه‍.ق است نیز در مصرع آخر شعر فوق به صورت حروف ابجد بیان گردیده است که از رایجترین شیوه های ادبی در بیان تاریخ وفات نامداران است.